Common Workflow Language ユーザーガイド#
本ガイドは、オープンスタンダードである Common Workflow Language (CWL) を使用したワークフローの書き方を紹介するものです。本ガイドは、最新仕様v1.2
を解説しています。
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目次#
- 1. はじめに
- 2. トピックス
- 2.1. YAMLガイド
- 2.2. コマンドラインツール
- 2.3. Expressions
- 2.4. Inputs
- 2.5. 追加の引数とパラメータ
- 2.6. パラメータリファレンス
- 2.7. Outputs
- 2.8. カスタムタイプ
- 2.9. Expression Tool
- 2.10. ワークフロー
- 2.11. Operations
- 2.12. 環境変数
- 2.13. コンテナの使用
- 2.14. 実行時にファイルを作成する
- 2.15. 入力ファイルのステージング
- 2.16. ベストプラクティス
- 2.17. ファイルフォーマット
- 2.18. メタデータと著者
- 2.19. ソフトウェア要求事項の指定
- 2.20. トラブルシューティング
- 3. チュートリアル
- 4. よくある質問
- 4.1. "
File
" 型をつかわずevalFrom
を使うにはどうしたらよいですか? - 4.2. 入力ファイルの名前を変更するにはどうしたらよいですか?
- 4.3. 出力ファイルの名前を変更するにはどうしたらよいですか?
- 4.4. ローカルスクリプトを参照するにはどうしたらよいですか?
- 4.5. オプショナル入力のために
self
-形式のInput Bindings をどのように設定しますか? - 4.6. 「一か八か」のパラメータをモデル化するにはどうしたらよいですか?
- 4.7. ある型の配列を期待する入力に1つの値を与えるにはどうしたらよいでしょうか?
- 4.8. 入力パラメータをオプショナルにするにはどうしたらよいですか? 💯
- 4.9. どうやってあらかじめ定義された値のリストから入力を指定できますか(つまり、入力でenumを使うにはどうしたらよいですか)?
- 4.10. 依存的または排他的な入力パラメータはどのように記述すればよいですか(例えば、レコード入力をどのように使用すればよいですか)?
- 4.11. 相互に排他的なパラメータを設定するにはどうしたらよいでしょうか?
- 4.12. ブール値を設定するにはどうしたらよいでしょうか?
- 4.13. 入力された文字列を連結するにはどうしたら良いでしょうか?
- 4.14.
cwltool
ファイル名の中に空白文字があるために起こるエラーにはどのように対処したらよいでしょうか? - 4.15. 入力パラメータ名の中にハイフンがあるため、CWL Parameter Reference エラーが起こりました。どのようしたらよいでしょうか?
- 4.16. SingularityをCWLとcwltoolで使うにはどうしたらよいでしょうか?
- 4.17. CWLツールのJavaScriptをデバッグするには?
- 4.1. "
- 5. ライセンス